磷石膏中所含氟化物、游离磷酸、五氧化二磷、磷酸盐等杂质导致磷石膏在堆存过程中由于风蚀、雨蚀而造成了大气、水系及土壤的污染，直接破坏生态环境，长时间接触磷石膏，甚至可能导致人的死亡或病变。早在2006年就被国家环保局定性为“危险废渣”。

       与此同时，化肥企业每年用于堆渣征地、运输、维护渣场的费用也极为巨大，并要向国家缴纳排污费，一个100万吨产量的磷肥厂，年排放磷石膏400~500万吨，仅缴纳排污费就要800~1000万元。

       以云南为例，云南省“云天化国际化工股份有限公司”是目前国内最大的磷复合化肥生产企业，所属6家分公司，均为生产各类化肥产品的生产型企业。

 年产磷复合化肥：      200-300万吨（占全国磷复化肥年产量的20%左右）
 年工业废渣排放量：   1000万吨左右
 年废渣花费资金：      2000万元 (租地资金、废渣运输、渣场维护、排污费等)